De milieuorganisatie Mobilisation for the Environment (MOB) zegt dat voordat de huidige vergunning werd verleend niet is gekeken hoeveel stikstof afkomstig van de Amercentrale neerdaalt, en wat de gevolgen daarvan zijn voor de verschillende Natura 2000-gebieden.

MOB heeft ook een procedure lopen tegen het concept van de omgevingsvergunning, dat de provincie heeft verstrekt vlak voor de uitspraak van de Raad van State. Ook stelt MOB dat de overgang van het stoken van kolen naar biomassa een nieuwe passende beoordeling vereist voor de natuurbeschermingsvergunning. In totaal heeft MOB drie procedures lopen.

De Amercentrale zou al een nieuwe natuurbeschermingswetvergunning hebben aangevraagd, maar door de uitspraak van de Raad van State ligt deze procedure nu stil. RWE, eigenaar van de centrale, wil niet reageren op de stap van MOB.

Afgelopen mei oordeelde de Raad van State dat het Nederlandse overheidsprogramma om stikstof terug te dringen in natuurgebieden (PAS) in strijd is met Europese natuurbeschermingsregels.

De hoogste bestuursrechter oordeelde dat de PAS-regeling (Programma Aanpak Stikstof) niet langer gebruikt mag worden voor het verlenen van vergunningen. De natuur wordt er onvoldoende door beschermd. Die uitspraak heeft verregaande consequenties voor alle plannen die leiden tot een toename van de stikstofuitstoot. 

In Brabant gaat het daarbij onder meer om de verbouwing van de Penitentiaire Inrichting Vught en de verbreding van de A58 tussen Eindhoven en Tilburg, en tussen Sint-Annabosch en Galder. Ook aanpassingen aan het spoor tussen Breda en Eindhoven en Meteren en Boxtel kunnen voorlopig niet doorgaan.

Daarnaast staan de vliegbases in Volkel, Woensdrecht, Eindhoven en Gilze-Rijen op de lijst met rijksprojecten, net als het luchthavenbesluit De Peel, Gilze-Rijen en Woensdrecht. 

De Amercentrale is een van de vijf kolencentrales in Nederland. Het plan is dat de centrale in 2025 volledig op biomassa draait.